ゆゆさん、おはようございます。
電離層は、太陽光の紫外線エネルギーによって原子の周りの電子が遊離して浮遊している状態の層のことを言います。
「密度」と仰っておられるのは空気密度ではなく、この電子の密度のことだと思います。電離層はD層から上空に向かってF層までありますが、電子密度はD<Fで上空へいくほど密度が大きくなります。
学生のころの知識なので幾分自信がないのですが、以下のようにお考えになられたらいかがでしょうか。
電波は電磁波(電気的、磁気的な波)で、周波数によって固有の波長を持っていますが、上記の電子密度を網の目と思えば(密度が大きいほど網の目が細かい)、周波数が高い(波長が短い)ほど網の目を通過しやすくなります。
放送電波で考えてみましょう。
AMラジオ 長波
短波ラジオ 短波
FMラジオ 超短波 とします。
AMラジオは、D層の網で電波が弱まり、反射による遠方到達はしません。ところが夜間はD層が無くなるのでE,F層で反射して遠くに届きます。(夜間に海外のAM放送が聞こえたりする所以)
短波ラジオは、D層の網の目をくぐり抜け、E,F層で反射するので遠くに届きます。(短波ラジオが海外向けである所以)
超短波は、全てくぐり抜けるので反射が起こらず遠くに届きません。(FMラジオはローカル局である所以)
(注:スポラディックE層という特殊な層が発生することがあってこれは超短波も反射します)
長文失礼しました。助けになりましたでしょうか。