早い時間帯にそこを通過し、現時点ではもっと南の方に行っているから。

🙄うーん。わかりません。。何か根本的なところで理解できていない部分があるのでしょうか？

シアーラインが南下して来ているのでその南端（高度2000m付近）がまず最初に到達します。南端の通過時間が先で、北端は最後です。時間の経過とともに高度が低くなっていますから、南に向かって高くなります。

考え方のポイントは、

(1) ウインドプロファイラが観測するのは地上の観測点のほぼ真上である。
(2) 北風であり空気は北から南に動いている。

です。上記により、早い時刻に観測した空気ほど南に進んでいるということになります。

身近なたとえで言えば、道路脇で北から南に走る車の流れを眺めているとき、早い時刻に目の前を通過した車ほど南に進んでいるのと同じです。

疑問点が「相対的なこと」でしたら、観測者がどこにいるかによって現象のとらえかたがかわります。

駅にＡ君がいて、Ｂ君が北から南に向かう電車にのっていて、そこを通過するとする。Ａ君からはＢ君は南に移動するように見えますが、Ｂ君からはＡ君が北に移動するように見えます。
これを時間軸に置き換えると、電車が通過して2時間たったとすると、そこはＡ君からすると電車が通過して2時間「後」の地点ですが、電車に乗るＢ君からすると2時間「前」の地点です。

今、シアライン付近の空気塊が北側のある地点から南へ移動した場合、空気塊からすると北側は、過去の早い時間帯になりますが、北側の地点から見ると空気塊が通過した後の遅い時間帯になります。どちらも正解ですが、この場合、地点（地表）が主ですから後者になります。