まだ、学科もクリアしていないレベルでのコメントはおこまがしいかもしれませんし、そもそも5340mの+287から解析するのが間違いなのかどうかもわかりません。
ただ、トラフは強風軸毎に解析するのが原則と聞いたことがあります。その視点で眺めると、5340mの正渦度極大は、5600m付近の強風軸とは別の強風軸が絡んでいるような感じを受けます。そのため、5400mまでとしたという考え方はいかがでしょうか。

ていねんまじかさん、ありがとうございます。

「トラフは強風軸毎に解析するのが原則」というのは、恥ずかしながら私も最近になって知りました。ただ、それを踏まえても、どうもしっくり来ないですねぇ。前後の図からの時間的な流れを見ても、そうか！という理由が分からないです。

5340mから5400mにかけての等高度線の間隔がやや開いているからでしょうか。。。